Ultrafiltration (UF): Nesse método, é utilizada uma técnica de ultra filtragem a baixa temperatura que permite a retenção das importantes subfrações do whey, sem desnaturação das proteínas, e diminução da lactose e gorduras. O processo é natural e sem aditivos químicos e utiliza filtros de cerâmica de alta tecnologia. O processamento de whey nesse método resulta geralmente em WPC.
Cross-Flow Micro Filtration (CFM): Esse método é muito similar ao UF, porém as membranas utilizadas no filtro são cerca de 4 vezes menores, o que permite uma maior filtragem e portanto maior porcentagem de proteína, chegando a mais de 90%, e quase total eliminação de lactose e gordura. O processamento de whey nesse método resulta geralmente em WPI.
Ion-Exchange:Usado para ibtenção do Whey Protein Isolado. Nesse método, faz-se o WPC correr através do que é chamado de uma coluna "ion-exchange", onde as proteínas são seletivamente unidas, baseadas em sua carga, enquanto outros componentes são removidos.
Hidrolização: Nesse método, geralmente usa-se um processo de quebra através de enzimas para quebrar os peptídeos do WPI ou do WPC em cadeias menores de aminoácidos, o que facilita sua absorção e também aumenta a velocidade de absorção. É um processo de alta qualidade, porém seu custo é mais alto.
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